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Salle de réunion bat. LWOFF

Vendredi 12/02/16 - 9h30

Alexandre Duprey, eq. NASSER. (séminaire interne MAP)

"Régulation transcriptionnelle bactérienne et évolution des paralogues : l’exemple de la famille pelAED chez Dickeya"

Chez les bactéries, les duplications de gènes sont fréquentes. Ces dernières se terminent dans la plupart des cas par la perte rapide d’une des deux copies, mais il arrive qu’ils se maintiennent. Il a été montré que la divergence et la sélection des paralogues s’opèrent d’abord au niveau régulateur, mais les mécanismes précoces restent encore inconnus.
Parmi les gènes de virulence indispensables du genre Dickeya, l’une des familles est composée de paralogues proches : pelA/E/D, codant pour des pectate lyases, enzymes responsables de la macération du végétal hôte. En couplant phylogénie, génomique comparative, biologie moléculaire et génétique, nous avons montré que cette famille a été acquise par transfert horizontal d’un seul gène suivi par 2 duplications successives spécifiques au genre Dickeya. La comparaison de la régulation des 2 paralogues les plus récents, pelD et pelE, a permis d’établir que pelE a été sélectionné comme initiateur de l’agression de la plante. Ce rôle a pu être lié à un décalage du site d’initiation de la transcription entre pelD et pelE, causant des modifications profondes dans la régulation des gènes. Enfin, un promoteur divergent spécifique aux régions régulatrices pelD a joué un rôle secondaire d’optimisation de l’expression de pelD post-duplication.
Ces résultats permettent ainsi de montrer un mécanisme très précoce de sélection de paralogues, s’appuyant sur les régions intergéniques variables plutôt que sur les régions codantes stables pour assurer une divergence rapide des gènes nouvellement dupliqués.