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Accueil > Équipes > Génomique fonctionnelle des champignons pathogènes des plantes

Présentation

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Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus infectieux complexes pour développer les structures spécialisées que leur cycle infectieux requiert, s’adapter aux conditions nutritionnelles que constitue l’hôte végétal, et contrer les réponses de défenses des plantes.
Nos objectifs concernent l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au processus infectieux des champignons phytopathogènes, et en particulier l’identification de nouvelles fonctions cellulaires et métaboliques associées spécifiquement aux phases précoces du cycle infectieux (germination de la spore, différenciation des structures de pénétration, colonisation précoce).

Notre modèle d’étude principal est le champignon nécrotrophe Botrytis cinerea responsable de la pourriture grise sur plus de 200 plantes dicotylédones parmi lesquelles la vigne, ou de nombreuses plantes maraîchères (tomate, fraise…). Il présente la particularité de développer deux types de structures spécialisées dans la pénétration de la plante, un appressorium simplifié et un coussin d’infection. Une fois entré dans la plante hôte, il détruit les tissus à distance en sécrétant des enzymes de dégradation, des acides organiques, des phytotoxines ou encore des espèces réactives de l’oxygène puis progresse dans les tissus morts dont il se nourrit comme un saprophyte. Les génomes de plusieurs plantes hôtes sont séquencés (vigne/tomate/fraise/Arabidopsis) ce qui permet l´utilisation d´approches de génomique et d’aborder le dialogue moléculaire mis en place lors de l´interaction. Nous avons également créé une collection de 2500 mutants d’insertion de B.cinerea permettant d’identifier de nouveaux gènes de pathogénie.

Nous développons plusieurs axes de recherche visant à caractériser des fonctions biologiques importantes dans les stades précoces de l’infection : cytosquelette de microtubules, trafic vésiculaire, paroi fongique.

Plateforme de protéomique


La plateforme de protéomique de l´UMR5240, dirigée par V. Girard, est rattachée à notre équipe. Elle développe des thématiques en lien avec l’équipe (modifications du protéome et du sécrétome de B. cinerea en réponse à des modifications du milieu ou durant les phases précoces de l’infection) mais participe également à de nombreux projets collaboratifs.

Notre équipe a la particularité d’être intégrée au département de Biologie du centre de recherche de Bayer CropScience à Lyon, spécialisé dans la recherche de nouveaux fongicides.